Fue en la Sala de Audiencias de la Cámara Federal, presidida por un enorme crucifijo y un vitreaux con la inscripción «afianzar la justicia», donde se inició el proceso con escasos antecedentes en el mundo. El juicio se instruyó sobre los datos relevados por la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP), creada por el entonces presidente Raúl Alfonsín el 15 de diciembre de 1983, cinco días después de asumir, y cuyo informe bajo fue entregado el 20 de septiembre del año siguiente.
La investigación de la Conadep constató en 1984-85 la desaparición de «cerca de nueve mil» personas, precisó entonces su presidente, Ernesto Sábato, en el prólogo del libro que divulgó el informe final bajo el título de «Nunca Más».
Además de recibir e investigar las denuncias de secuestros y otros crímenes de la dictadura, la Conadep aportó un modo de ordenar la acusación y las responsabilidades de la represión terrorista de Estado por centro clandestino de detención.
Este criterio de agrupamiento fue asumido por la Cámara Federal que juzgó a las Juntas y también por la Fiscalía, integrada por Julio César Strassera y Luis Moreno Ocampo, que concluyó su alegato final con la exhortación al «Nunca más».
Integraban la Cámara Federal los jueces Jorge Torlasco, Ricardo Gil Lavedra, León Carlos Arslanián, Jorge Valerga Araoz, Guillermo Ledesma y Andrés D`Alessio.
Años más tarde, en diciembre de 1990, los represores que fueron condenados en este juicio se vieron beneficiados por los indultos que dictó el ex presidente Carlos Menem y quedaron en libertad.
Sin embargo, la derogación de las leyes de Punto Final y Obediencia Debida, y la decisión de la Corte Suprema de Justicia de declararlas inconstitucionales los volvió a sentar en el banquillo de los acusados.
En 1985, tras el juicio, motorizado por el Poder Ejecutivo Nacional, a cargo del entonces presidente Raúl Alfonsín, fueron sancionados los generales Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; los almirantes Emilio Eduardo Massera y Armando Lambruschini; y el brigadier Orlando Ramón Agosti, los tres integrantes de la primera de las juntas y dos de la segunda.
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